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            英特爾oneAPI賦能GROMACS 2022,推動開源藥物的研發_億德體育|官網

            時間:2022-08-01 13:11:54 來源: 億德體育 點擊: 億德體育

            “GROMACS憑仗英特爾oneAPI開放的編程和多架構東西進行加快,并在基在英特爾Xe架構的GPU上運行,揭示出色機能。

            英特爾致力在培養一個開放的生態系統,包羅為很多開源項目做出手藝進獻,這些項目都對實際世界發生了直接影響。GROMACS就是此中的一個例子,它是一個份子動力學軟件包,用在摹擬設計新藥物的卵白質、脂質和核酸。比來發布的GROMACS 2022利用SYCL和oneAPI進行開辟,在多種架構上運行揭示出出色的機能,包羅基在英特爾Xe架構的GPU。

            英特爾并行軟件工程師Roland Schulz暗示:“GROMACS是世界上利用最普遍的開源份子動力學利用之一。緣由很簡單,借助該利用進行的摹擬,能幫忙我們更好地領會小到體內的卵白質,年夜到宇宙星系的份子動態。值得留意的是,我們與GROMACS的合作,即便用oneAPI進行開辟和優化,讓英特爾介入到藥物研發的重猛進展中,并擴大了GROMACS跨多個計較架構的開放式開辟。這一切都是在與我們很是器重的開源社區合作時實現的?!?/P>

            GROMACS的份子動力學摹擬由oneAPI供給手藝撐持,與國際散布式計較項[email protected]等項目一路,為肯定針對乳腺癌、新型冠狀肺炎、2型糖尿病等疾病要害藥物的解決方案做出了進獻。在現代藥物研發中,份子動力學摹擬獲得了普遍而成功地利用。這些摹擬為研究人員供給了所需的生物年夜份子布局信息,以領會布局與功能關系,用在指點藥物研發和設計進程。像GROMACS如許的計較東西,在藥物研發方面的利用,有助在研究人員更有用地設計和評估新藥的同時,節流資本。

            斯德哥爾摩年夜學和瑞典皇家理工學院的GROMACS研發團隊在生物物理學傳授Erik Lindahl的率領下,引領著GROMACS份子動力學東西包的開辟,這是世界上利用最普遍的高機能計較利用之一。份子動力學以計較為中間,而且頻仍迭代,這讓它成為最耗時的高機能計較利用之一。數十億次的計較會觸及數百萬行的代碼。

            oneAPI作為一種開放、同一的編程模子,用在CPU和加快器,并撐持多個廠商的計較機架構,這幫忙Lindahl傳授和他的團隊擴大了GROMACS對異構硬件的撐持。這得益在利用跨架構、跨廠商的開放尺度從而提高了出產力?;谶@些尺度,oneAPI編程簡化了軟件的開辟流程,無需特定的編程說話或供給商,就可以供給加快計較的機能,同時答應集成現有代碼,包羅OpenMP。

            作為oneAPI優化工作的一部門,Lindahl的團隊經由過程利用英特爾® DPC++兼容性東西(英特爾® oneAPI根本東西包的一部門),將GROMACS中只能在Nvidia硬件上運行的CUDA代碼,遷徙到SYCL,該東西凡是能主動履行90至95%的代碼遷徙工作1,2。這答應其團隊建立一個新的、自力可遷徙的跨架構代碼庫。這極年夜簡化了開辟工作,并為多架構情況的擺設供給矯捷性。

            Lindahl暗示:“憑仗GROMACS 2022對SYCL和oneAPI的周全撐持,我們擴大了GROMACS,使其可以在新型硬件上運行。經由過程英特爾® DevCloud,我們已在當前基在英特爾Xe架構的GPU,和行將推出基在英特爾Xe架構的GPU開辟平臺Ponte Vecchio上,運行了出產摹擬。這一階段獲得的機能成果使人印象深入,證實了英特爾軟硬件協同合作的氣力??偠灾?,這些優化實現了硬件的多樣性,供給了高端機能,并鞭策了競爭和立異,讓我們能更快地展開科學研究,并下降下流財產的本錢?!?/P>

            經由過程利用英特爾oneAPI跨架構東西進行優化,例如oneAPI DPC++/C++編譯器、oneAPI庫和高機能計較闡發和集群東西,GROMACS實現了加快計較,oneAPI東西可在英特爾® DevCloud中獲得。英特爾® DevCloud是一個免費情況,可以在各類英特爾架構如CPU, GPU, FPGA上,開辟和測試代碼。

            關在GROMACS:GROMACS是一個通用的軟件包,用在對具稀有百萬個粒子的系統,進行基在牛頓活動方程式的份子動力學摹擬。GROMACS首要用在生物化學份子,如卵白質、脂質和核酸等,這些份子具有多種復雜的鍵合彼此感化。因為GROMACS在計較典型的摹擬利用,如計較非鍵合彼此感化方面具有很是快的速度,是以很多科研人員將其用在非生物系統的研究,例如聚合物。

            關在oneAPI:oneAPI供給一個開放、同一的跨架構編程模子,旨在簡化跨多架構的開辟(如CPU、GPU、FPGA和其它加快器)。oneAPI閃開發者在一個開放、基在尺度的編程情況中,打破基在單個廠商的封鎖式編程模子的限制,為加快計較供給超卓機能,而且答應代碼延續迭代。

            關在英特爾與[email protected]的合作:GROMACS是[email protected]散布式計較項目標基石,旨在經由過程摹擬卵白質的動力學,幫忙科學家為各類疾病開辟新的診療方式。進行這些具有挑戰性的份子動力學摹擬,需要一種稱為強擴大的流程,在藥物研發進程中成功地摹擬原子。英特爾能經由過程進步前輩的軟件手藝東西和代碼優化撐持GROMACS,進而撐持億德體育|官網[email protected],幫忙供給高效、高機能的異構編程。經由過程供給需要的計較能力,這終究將助力開辟者和科學家完成壯大的縮放。固然該項目還沒有采取GROMACS 2022,但已最先打算轉換代碼,為行將推出的英特爾Xe架構GPU做好跨架構的預備。

            更多資料請拜候:利用oneAPI推動GROMACS|經由過程GROMACS理解我們的世界|跨異構架構遷徙GROMACS|賦能開辟者,英特爾發布oneAPI 2022東西包|英特爾oneAPI東西包|解碼英特爾的軟件優勢

            留意事項與免責聲明:

            1該團隊把GROMACS的Nvidia CUDA代碼遷徙到Data Parallel C++ (DPC++),后者是oneAPI的一個SYCL實行,旨在建立新的跨架構代碼。

            2英特爾預估,截至2021年9月?;趯σ惶?0個HPC基準測試和樣本的丈量,例如Rodinia、SHOC、PENNANT等。測試成果可能有所差別。

            機能因利用、設置裝備擺設和其它身分而異。如需領會更多信息,請前去www.intel.com/PerformanceIndex。測試成果可能有差別。

            機能成果基在設置裝備擺設中顯示的日期進行測試,且可能并未反應所有公然可用的平安更新。

            沒有任何產物或組件是絕對平安的。

            現實本錢與測試成果可能有所差別。

            英特爾手藝可能需要撐持的硬件、軟件或辦事激活

            英特爾不節制或審計第三方公司的數據。您應當咨詢其他來歷以評估其正確性。

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